Những ngôi chùa hoặc đền ở cố đô Kyoto nổi tiếng không phải là không có lí do: chúng là một trong những kiến trúc tôn giáo được bảo tồn tốt nhất của thế giới. Trong suốt chiều dài lịch sử, hỏa hoạn, chiến tranh và động đất đã làm hư hại Kyoto. Nhưng thành phố đã may mắn thoát khỏi sự hủy diệt của bom nguyên tử trong Thế chiến 2. Và kết quả là Kyoto đã giữ lại được nhiều nét đẹp cổ xưa, bao gồm đền chùa, cung điện và nhiều công trình vô giá khác.

Sẽ không quá khi nói Kyoto là thủ đô văn hóa của Nhật Bản. Ở đây có đến hơn 1600 ngôi chùa Phật giáo và 400 ngôi đền Shinto. Có những công trình là Di sản Văn hóa Thế giới như Thanh Thủy Tự hay Thiên Long Tự. Cũng có những đền miếu nhỏ do chính người dân địa phương dựng nên. Phần lớn chúng đều được làm bằng gỗ vì Nhật Bản rất hay bị động đất. Đá chỉ được sử dụng trong việc làm móng hay trang trí sân vườn. Một điểm đặc biệt nữa của những ngôi chùa và đền ở cố đô Kyoto là sự kết hợp với thiên nhiên. Thiên nhiên và cảnh quan chùa chiền thường hài hòa, tạo nên những kiệt tác kiến trúc tôn giáo.

Ở Nhật Bản, chùa là nơi thờ Phật, trong khi đền là nơi diễn ra các nghi lễ Shinto giáo. Tuy nhiên để nhận ra sự khác biệt giữa đền và chùa thì không phải dễ. Hàng thế kỉ cùng tồn tại đã khiến hai tôn giáo này ảnh hưởng lẫn nhau, dẫn đến sự trùng lắp trong kiến trúc. Chỉ đến khi được tách ra bằng một sắc lệnh vào năm 1868, đền và chùa ở Nhật mới trở thành hai tổ chức tôn giáo riêng biệt.

Điểm dễ dàng nhất để phân biệt đền và chùa có lẽ là ở cổng vào. Cổng vào đền thường là những cánh cổng torii đơn giản, được sơn màu đỏ son. Trong khi đó, cổng vào chùa thường là cổng tam quan, với mái được trạm trổ tinh xảo. Một điểm khác biệt nữa là ở những họa tiết trang trí. Trong khi chùa thì được tô điểm bằng hình ảnh của Đức Phật, La hán hay Thiên Tướng, thì đền lại được trang trí bằng tượng của những kami (vị thần Nhật Bản) hay linh thú. Thậm chí một vài linh vật như tấm gương cũng thường thấy trong những ngôi đền Shinto giáo.

Trong số 1600 ngôi chùa ở cố đô Kyoto, Thanh Thủy Tự hay Kiyomizu-dera có lẽ là cái tên được biết đến nhiều nhất. Xây dựng từ thời Heian và được sửa lại nhiều lần, ngôi chùa này nổi tiếng với mái hiên được dựng trên sườn đồi. Mái hiên này được trụ bởi 168 cột gỗ lớn. Từ đây du khách có thể chiêm ngưỡng cảnh rừng cây bên dưới. Mái hiên được nối với chính điện, nơi đặt tượng Phật Quan Âm nghìn tay. Và cũng giống như đền Itsukushima, không một chiếc đinh nào được sử dụng trong việc xây ngôi chùa linh thiêng này.

Tên ngôi chùa có nghĩa là “dòng nước trong”, được đặt theo một thác nhỏ trong khuôn viên chùa. Khi thác chảy xuống được chia làm ba con suối nhỏ, và mỗi dòng mang lại một lợi ích riêng. Phía sao ngôi chùa còn có một điện thờ Shinto dành cho Jishu – vị thần tình yêu và hôn nhân. Đây là một ví dụ điển hình cho việc hai tôn giáo cùng tồn tại.

Hoàn thành vào năm 1345, Thiên Long Tự hay Tenryu-ji được xây dựng vào năm 1339 bởi lãnh chúa Ashikaga Takauji nhằm mục đích tưởng nhớ hoàng đế Go-Dago. Đây là một đối thủ và đồng thời cũng là một người bạn của Ashikaga. Ngôi chùa được xếp hạng nhất trong năm ngôi Thiền tự ở Kyoto nhờ vào khu vườn đẹp như tranh, bao gồm hồ nước, vườn đá, cây cối xanh tươi.

Nhưng điểm đặc biệt nhất của khu vườn này chính là ngọn núi Arashiyama. Ngọn núi xanh mướt được sắp đặt một cách khéo léo vào cảnh quan vườn. Nếu nhìn từ bên trong, ta sẽ dễ dàng lầm tưởng nó là một phần của khu vườn. Đây là một ví dụ đặc sắc của shakkei (mượn cảnh) trong nghệ thuật làm vườn Nhật Bản.

Một ngôi đền khác cũng đặc biệt không kém chính là Yasaka Jinja ở quận Gion sôi động. Ngôi đền đa sắc màu này là nơi thờ thần Susanoo – vị thần biển và gió bão, thần Kushinadahime – vợ Susanoo và tám người con. Toàn bộ ngôi đền bao gồm trên dưới mười công trình phụ, với chính điện đặt ở giữa. Trước chính điện là một sân khấu được trang trí bởi vô số đèn lồng vô cùng bắt mắt.

Mỗi một chiếc lồng đèn tượng trưng cho một ước nguyện của một quan khách đến thăm đền. Được cho là ngôi đền bảo hộ của những geisha, Yasaka Jinja rất được tôn kính ở cố đô Kyoto. Ngôi đền còn là nơi khởi nguồn của lễ hội Gion Matsuri, một lễ hội cầu an xua đuổi bệnh tật được tổ chức vào tháng bảy hàng năm.